Сюжет второй части игры разворачивается спустя год после событий первой. Игроков ждет постапокалиптическое будущее в киберпанковом стиле, где власть Хозяйки Ключей и ее тирания обрушились, оставив за собой последний оплот человечества – Башню Дхармы. В этом разрушенном мире появляется Джек, киберниндзя, готовый сразиться с новым жестоким культом киберниндзя и определить будущее человечества.